Eskişehirspor kuruluşu diğer kulüplerin kuruluşuna hiç benzemez. Eskişehirspor'u ne İstanbul takımları nede İzmir takımlarında olduğu gibi yabancı uyruklular tarafından kurulmamıştır.Ne de holdinglerin toplanmasıyla oluşmuştur. Eskişehirspor Eskişehir'in bağrından çıkmıştır.
     1963 yılında Türkiye akademiler arası futbol şampiyonası düzenlenir. Eskişehir ticari ilimler akademisi finalde Ege Üniversitesini 6-0 gibi büyük bir farkla mağlup eder. Maçın bitiminin ardından gözlemci Burhanettin Türker, kafile başkanı Nafiz Yazıcıoğlu'nun kulağına şunları söyler " Madem elinizde böyle bir kadro var neden 2.lige katılmıyorsunuz " 1965 yılında Eskişehirspor kurulur ve başkanlığına Aziz Bolel getirilir.Akademisporun bircok futbolcusu Eskişehirsporun formasını giyer.Takımın renkleri siyah ve kırmızı olarak belirlenir. Es-Es aldığı başarılar nedeniyle daha sonraki on yıl boyunca Anadolu'da kurulan tüm takımlar Eskişehirspor'u örnek alır. Siyah kırmızı renkleriyle birlikte. Eskişehirspor'u örnek alan kulüpler bugün 1. ligde başarıdan başarıya koşar.
     Eskişehirspor'un birde lakabı var.Ona Kırmızı Şimşekler derler. Es-Es'in renklerini almayanlar lakabını almıştır. Anadolu'daki birçok takımın lakabı şöyledir: Mor şimşek, Mavi şimşek, Kara şimşek bu örnekler sürüp gider.
 Milli lig,1959 yılında 8 İstanbul,4 İzmir,4 Ankara takımından teşekkül etmiş olup arada maçlarını Ankara`da oynama kaydıyla bu lige Adana Demirspor haricinde baska anadolu takımı yer almamıstır.Ta ki Eskisehirspor cıkana dek.1965-1966 yılında Şampiyon olan Eskisehirspor bu 3 il dısında 2.Ligde şampiyon olarak 1.Lige çıkan ilk takımdır.1971-1972 sezonunda Eskisehirspor 63 gol atmıştır ve bu 1.Galatasaray(34) ile 4.Beşıktas'ın(28) attığı gol toplamından fazladır.Tüm sezonlar toplamında galibiyeti mağlubiyetinden fazla 5 takım wardı ve bunlardan bırı de Eskişehirspor'dur(242/230).Tüm sezonlar toplamında attığı yediğinden fazla 6 takımdan biri yine Eskişehirspordur(761/739).Türkiye'deilk uluslararası futbol maçı naklen yayini Eskişehirden,Eskişehirspor-Dinamo Moskova yapılıştır.Cumhurbaşkanlığı,Türkiye kupası ve Başbakanlık Kupalarının 3'ünü birden kazanan 6 takımdan biri yine Eskişehirspor'dur.Lig tarihi boyunca,kurulduğunun ertesi yılında 1Lİge çıkan ilk ve tek takımdır.Eskişehirspor Twente karşısında aldığı 3-2lik galibiyetle Avrupa Kupalarında ilk kez bir Hollanda takımını yenen Türk ekibi olmuştur.